Segunda Temporada de Moyashimon: La historia trata sobre Tadayasu Sawaki, un joven estudiante que empieza a ir a la universidad de Agricultura de Tokyo, el cual tiene un don un tanto ortodoxo: Puede ver los microbios a simple vista. Junto a él, su amigo Yuki Kei le acompañara en su vida estudiantil (si se le puede llamar asi) de la mano de su profesor Itsuki-sensei y la bella Hasegawa-san.