La historia se sitúa lego del torneo de los santos en Inazuma Eleven GO, y Tenma regresa a Raimon Junior High School. Sin embargo, este no es el que Raimon que recuerda, y los miembros de Raimon ya no juegan fútbol. Tenma se da cuenta de que este es un mundo paralelo cuando Alpha, el capitán y delantero del equipo de Protocolo de Omega, se aparecen frente a él. Donde Alfa es parte de un proyecto secreto en el cual desean acabar con el fútbol.